برخی صاحب نظران، با تمسک به دلایلی، عرفان اسلامی را در بخشی از آموزه های معرفتی، شیوه های سلوکی، روش فهم متن دینی و حتی در خاستگاه همسو با دین اسلام نمی دانند. اما عارفان در مباحث معرفتی هم اصل شهود – به عنوان روش عرفان – را مورد تأیید دین می دانند و هم آموزه های معرفتی خود – همچون توحید، انسان کامل و معاد – را موافق با شریعت اسلام می یابند. و در بُعد عملی از یک سو جایگاه اصل سلوک در دین را تثبیت می کنند و از سوی دیگر، معیار شیوه سلوکی را نیز عدم مخالفت با شریعت معرفی می کنند. و در روش فهم متن دینی، مبتنی بر ذومراتب بودن متن وحیانی قرآن، فهم معانی باطنی قرآن را بدون توجه به ظاهر امکان پذیر نمی دانند. و در بحث خاستگاه صرف شباهت برخی آموزه ها و شیوه های عملی عرفان اسلامی با مکاتب دیگر را دلیل عدم اصالت عرفان اسلامی نمی شمارند.
